Группу FLEGETHON основали De'Meon и Oden в декабре 1999 года в городе Санкт-Петербург. Название взято из греческой мифологии - третья река Ада после Ахерон и Стикс. В сентябре 2000 года коллектив приступает к написанию материала в стиле, названном ими nonharmonical derelaxation suicidal ambient с элементами noise. К концу 2000 года работа над первым релизом благополучно завершается, после чего уже в новом тысячелетии FLEGETHON выпускает демо-кассеты «Когда жизнь подходит к концу…» и распространяет малым тиражом в Москве, Санкт-Петербурге, Тампере (Финляндия).

  Зимой 2001 года было написано ещё несколько композиций для дебютного альбома «The last stage of depression», а также ремастированы все композиции с демо и 3 марта 2001 года долгожданный дебют увидел свет. Вокальные партии для последней темы "Suicidal opera of the patients" записывались при 20-градусном морозе на льду Финского залива в двух километрах от берега.

  25 ноября 2001 года полностью завершена запись второго альбома «Outside of the consciousness». В музыкальном плане его трудно охарактеризовать каким-либо одним направлением, но в грубом приближении – dark ambient black doom. На альбом вошли 10 композиций, одна из которых – кавер-версия песни “Hey you” группы PINK FLOYD.

  Параллельно с работой над альбом FLEGETHON, Oden и De'Meon создают сайд-проект UNDER, с которым записывают альбом в стиле raw brutal death/noise.

  23 мая 2002 года завершена работа над третьим альбомом под названием «Dekadanse», который состоит из двух композиций протяжённостью по 22 минуты. В процессе его написания группа записывает ряд композиций, которые составили основу сборника нереализованных вещей «There is no echo of reality», увидевшего свет летом 2002 года.

  К сожалению музыкантам пришлось разъехаться и по ряду обстоятельств De'Meon временно покинул группу и FLEGETHON превратился в one-man-band в лице Oden'а и передислоцировался в город Байконур.

  30 сентября 2003 года FLEGETHON записывает демо «The Absolute Laws of Darkness», которое включает в себя 4 новых композиции в стиле raw depressive black, одна из которых кавер-версия песни "Aether" известной финской funeral doom банды SKEPTICISM. Демо распространяется лимитированным тиражом в кассетном варианте.

  20 августа 2004 года новый российский андеграундный лэйбл Satanarsa Records выпускает мультимедийный видеоклип к композиции "Полночь" с альбома «Outside of the consciousness», который составляет мультимедийную секцию к альбому «There is no echo of reality».

  23 августа 2004 года все релизы FLEGETHON, кроме «Когда жизнь подходит к концу…», выпущены на лэйбле Satanarsa Records. Демо «The Absolute Laws of Darkness» переиздано в CD-варианте.

  1 декабря 2005 года Oden завершил запись нового альбома «Behind a side of times», выполненного в стиле ambient funeral doom. Лирика основана на произведении Г. Ф. Лавкрафта. Диск вышел лимитированным тиражом 100 копий на лейбле Satanarsa Records.

  23 июня 2006 года Oden записал новый незапланированный релиз «Cry of the ice wolves II» в виде одного трека продолжительностью больше 40 минут, который продолжает идею, начатую на альбоме «The last stage of depression». Здесь слушателю предоставляется minimalistic apocalyptic funeral doom/black в исполнении группы FLEGETHON. Диск выпущен лимитированным тиражом 100 копий, пронумерованных вручную, первые 10 из которых с эксклюзивным оформлением и автографом автора.

  10 мая 2007 года подписан договор с лейблом Marche Funebre Prod. на издание альбома «Behind a side of times».

  5 августа 2007 года завершена запись 8-го полноформатного альбома «The Art of Regeneration», который продолжает линейку фюнеральных релизов группы. На альбоме представлено 6 композиций - кавер-версии известных произведений таких композиторов и исполнителей, как Robert Miles, Ennio Morricone, James Last, Frederick Chopen, ERA, ENIGMA, исполненные в стиле gothic funeral doom.

  10 февраля 2008 года альбом «Behind a side of times» издан на российском "похоронном" лейбле Marche Funebre Prod. в slip-case-формате.

  26 мая 2008 года на андеграундном лэйбле экспериментальной музыки B-Rush издан сплит UNDER/FLEGETHON «Lost paradise», который является частью серии металлических релизов «666 corpses». На сплит вошла одноимённая композиция UNDER с альбома 2001 года и композиция FLEGETHON "Lost paradise pt.II", ранее нигде не издававшаяся.

  11 августа 2008 года издан сплит FLEGETHON/EXANIMUS «From the dead ground / Ослепни, оглохни, сдохни» - совместный релиз двух лейблов: Satanarsa Records и The Kether Crown Prod., на который вошли композиции с альбомов 2002 и 2003 года группы FLEGETHON, представляющие всё блэковое наследие, а также новые и ремастированные треки тру-блэковой банды EXANIMUS, включая кавер DARKTHRONE. Диск вышел лимитированным тиражом 120 копий в картонном паке с дополнительной вкладкой.

  Композиция "Пройти сквозь красное небо" из альбома «There is no echo of reality» вошла в сборник «Metal Art vol.4» - бесплатное CD-приложение к журналу METAL ART №1(5) 2008 года.

  В начале 2010 года одним из поклонников FLEGETHON создана группа В Контакте.

  20 мая 2010 года увидела свет Black Metal интернет-компиляция Dark Front Compilation vol.4, в которую вошла композиция "Spiritual Monuments of the Past".

  В августе 2011 года композиция "Lost paraidise pt.II" включена в интернет-компиляцию "Posmodroom: the last days of modernshit".

  26 августа 2013 года вышло ремастированное переиздание альбома «The Art of regenaration» в CD-формате, изданное средствами группы и лейбла Nihil Art, который является официальным дистрибьютором альбома.

  13 января 2014 года лейбл Mercy Despise (подразделение Nihil Art) при активной поддержке Dark East Prod. переиздаёт альбом «Cry of the ice wolves II» на CD.

  После долгого перерыва в творчестве под самый конец 2014 года FLEGETHON записывает новый альбом - заключительную часть трилогии «Cry of the ice wolves».
  20 ноября 2015 года альбом издан как совместный релиз лейблов Mercy Despise и Dark East Prod.

  26 марта 2016 года завершена работа над новым концептуальным альбомом «The 4th step to self-destruction», который посвящён мировым войнам. В альбом вошли 4 композиции в привычном уже для группы жанре - ambient funeral doom.

  2 декабря 2018 года записан 11-й альбом.

  В декабре 2019 года FLEGETHON издаёт трилогию "Cry of the ice wolves" в честь 20-летия группы в виде 6-панельного дигипака в слипкейсе лимитированным тиражом 100 копий, включающую одноимённые композиции, записанные в 2000, 2006 и 2014 годах.

  12 сентября 2020 альбом «Omnia semper fines» издан на funeral doom лейбле Silent Time Noise Rec.

  7 ноября 2020 года завершена запись нового альбома «Falling into a black abyss».

  7 апреля 2022 года выпущена интернет-компиляция "Russian Subterranean Doom Metal", в которую включена композиция "Returning from condition of a deep amnesia".